科目代號：I01
英文名稱：Methodology of Thesis Writing
授課時間：一年級第一學期；每年開課
學分數：１學分（神學系必修；教義學系牧靈組必修，福傳組除外）
本院為提升同學在各科學術研究報告、小論文與學位論文的撰寫上，符合高等學術教育機構的要求與水準，自2013學年起提供《學期報告、小論文及學位論文基本格式指南》，其後並與時俱進做適當修訂，作為同學撰寫學期報告、小論文及學位論文時的格式參照，並以此作為學期成績評量依據之一。
本課程內容三個學習主軸：
- 資料搜尋。認識圖書館館藏與多媒體資料搜尋、使用方法；
- 論文（報告）寫作方法與技巧。掌握學術文章基本撰寫架構、段落構句技巧。特別說明神學研究在教會訓導與信仰生活中的橋樑角色；
- 使用《學期報告、小論文及學位論文基本格式指南》。熟悉正文、參考書目、註腳的寫作與編輯格式。
本課程進行方式為課堂講解說明、範文閱讀解析、例題練習，以及每人提交一份如論文提案的主題研究報告。
科目代號：I22
英文名稱：Seminar: Pneumatology
授課時間：甲年級第二學期；隔年開課
學分數：２學分（選修；包含TP2學期論文）
聖神，被忽略的天主；聖神論，需要加強的神學面向。我們很容易談論父與子，但論到聖神就突然沉默起來。無論聖神是誰或聖神做甚麼工作，無論在經驗上或認識上都很缺乏。
神學上，相較於基督論，缺少關於聖神論的系統神學—聖神論。通常關於聖神的反省會放在聖三論或恩寵論當中提及，但並未獨立而成為一門（系統）神學學科。
本課程願意在這方面努力，補強西方神學這方面的不足。課程進行方式是採合作研究，分為聖經、教父（迄於多瑪斯）、信理、靈修／牧靈等範疇，由同學選擇不同主題上台報告，通常兩次，並彼此討論，教師參與其中並適當補充，並在學期末以書面報告（小論文）總結學習經驗。
科目代號：I24
英文名稱：Seminar: Church Administration
授課時間：甲年級第一學期；隔年開課
學分數：２學分（選修）
課程目標：
依教會的組織特性，結合現代管理學的方法，協助學生對教會管理有進一步的認識，而更能接受教會在管理上的限度，並盡己之力協助教會與世界的對話與接軌。
課程簡介：
由教會現況出發，經由管理學的不同面向，包括財務管理、人事行政管理、倫理責任與社會公義、行銷與公關、權利與影響力、策略與計劃等，重新檢視教會的組織特性，以及其在管理上所面對的挑戰，並提出可能之解決方案。
進行方式：
不以傳統演講方式授課，要求修習學員主動積極參與，主要以個案分析與小組討論方式進行。
修習者資格：必須對本課程有興趣，並且具備主動積極參與分享之意願與能力。
成績考核標準：課堂表現與期末書面報告。
科目代號：I25
英文名稱：Seminar: Workshop on Social Experiment at the Service of Taiwan Fourth World Families
授課時間：每年第一學期
學分數：２學分（選修，本科亦可當作社會服務實習，二擇一認定）
一個國家無論如何發展，都會有窮人。在赤貧中生活的人，他們的生活基本需求無法獲得滿足，例如：健康營養的食物、安全無虞的住宿、健保勞保的保障、穩定的收入及工作、足夠的教育及基本人權…等，我們以第四世界家庭稱呼他們。
本課程一方面提供學生機會，透過社會服務實習接觸台灣第四世界家庭，另一方面經由合作研究課程分享討論，了解台灣貧窮家庭的現況，思考如何聆聽善待他們，並作深入的神學及牧靈反省。
實習部分，學生每週半天在本課程安排的社會機構服務，這些機構有：弱勢家庭兒童課業輔導、困難家庭兒童少年之家、家暴庇護中心、外籍勞工服務中心、街友照顧單位、貧窮獨居老人關懷協會...等。學生可選擇本課程安排的服務機構實習，亦可自己選擇服務單位，但須經教師核可。
課程部份，根據第四世界運動創辦人若瑟‧赫忍斯基神父的觀察及反省經驗，協助學生了解台灣貧窮家庭現況，思考如何聆聽善待他們、並作神學及牧靈反省。
評量方法：
- 課堂出席與討論（20%）
- 實習服務態度（30%）
- 期末報告：課程及實習結束後，繳交一篇綜合報告，按本院論文格式5000~6000字（50%）
參考書目：
- 若瑟‧赫忍斯基（Joseph Wresinski），《親吻窮人：若瑟神父與第四世界運動》，台北：心靈工坊出版社，2013。
- Joseph Wresinski, The Poor are the Church: A Conversation with Fr. Wresinski, Founder of the Fourth World Movement, (2002).
科目代號：S51
英文名稱：Seminar: Cooperative Research in Inculturation of Sacred Music
授課時間：乙年級第二學期；隔年開課
學分數：２學分（選修）
二十世紀後半及二十一世紀的天主教教會走在梵二大公會議的教會革新當中，傳教的本地化成了新福傳的方式。台灣地區教會的本地化因為缺乏對於本土地區語言、文化和藝術的專業研究人員和資源，一直處於弱勢的狀態，因此，此課程將提供一些研究的方法和主題，多方面地探討聖樂本地化的意義和精神，也藉由分組參與的研究主題，更深入了解和體驗天主所創造的各民族、各文化的智慧和價值。
課程內容：民族音樂的產生及範例、文獻中有關本地化的指示、聖樂本地化的範例、小組重點研究
書目：
- 教會音樂（李振邦著；世界文物出版社）
- 梵二大公會議文獻（台灣地區主教團秘書處出版）
- 羅馬禮儀與文化互融（天主教中國主教團秘書處）
- 延續前人的足跡（台灣地區主教團秘書處出版）