輔仁聖博敏神學院的前身為聖羅伯‧白敏神學院，主曆一九二九年由耶穌會中華省創辦於上海徐家匯，一九三二年奉宗座聖部認可，得授與神學學士及碩士學位。一九五二年遷往菲律賓。在上海及菲國時期，專為培植耶穌會傳教士而設立。一九六七年由菲遷回中華文化環境，位於天主教輔仁大學旁，同年十二月八日，正式簽約附設於輔仁大學，並奉准得收納各教區修生、各修會男女會士及優秀教友，協助培植後繼新秀。一九八五年奉准開設博士班。二○一二年，為更清楚確立既獨立於輔仁大學，又強調保持彼此合作的傳統，本院改名為輔仁聖博敏神學院（聖博敏樞機主教是十七世紀耶穌會著名的神學家，也是本院的主保）。本院現行章程修正後，於二○二○年七月三十一日由宗座教育部核定通過。

遷台前簡史：

• 1929年，聖座修院及學院教育部（Sacred Congregation of Seminary and University Studies）及耶穌會中華省於上海徐家匯創辦聖羅伯‧白敏神學院，簡稱徐匯神學院。

• 1932年，由聖座修院及學院教育部藉宗座法令《知識之主天主》（Deus Scientiarum Dominus）認可，作為培育耶穌會年輕會士學府，得授予神學學士（S.T.B.）及碩士（S.T.L.）等學位。

• 1952年，遷往菲律賓碧瑤（Baguio）。

在台發展大事紀：

• 1967年，由菲律賓遷至台灣新莊。同年12月8日，正式簽約附設於輔仁大學，全名為「天主教輔仁大學附設聖羅柏・白敏神學院」。

• 1967-1968年，開始以中文教學（1967年，一半以中文教學；1968年，全部以中文教學），並奉聖座教育部准許，得收納各教區修士、各修會男女會士及蒙受神學信仰培育召叫之平信徒，從事各級神學與信仰培育工作。

• 1968年，成立「教義學系」。

• 1969年，制訂拉丁文版的章程。

• 1969年，開始發行《神學論集》。

• 1969年，設置「神學著作編譯會」。

• 1971年，開始舉辦對外一年一度的神學研習會。

• 1972年，開始發行「輔大神學叢書」。

• 1985年，奉准開設博士班；按1983年12月5日聖座教育部法令第457 / 79號，授予神學學士、神學碩士及神學博士等學位（本院第一位博士為耶穌會士武金正神父，於1989年取得神學博士學位）。

• 1985年，確立院徽，由王端敏女士設計。

• 1985年，設置「徐光啟神學獎學金」。

• 1991年，首度以中文修訂章程，聖座教育部於2月28日核准。

• 1992年，設置「楊廷筠神學教師基金」。

• 1993年，《輔神人》創刊。

• 1993年秋，開設「夜間教友神學課程」。

• 1997年1月25日，頒授「普世博愛運動」創始人盧嘉勒女士（CHIARA LUBICH）榮譽神學博士學位。

• 1998年12月8日，設置「禮儀研究中心」。

• 1999年3月，設置「生命倫理研究中心」。

• 2002年10月，設置「原住民神學研究中心」。

• 2004年9月，開設教義學系「福傳組」。

• 2008年，耶穌會中華省設置「神學院發展基金」。

• 2009年2月，開始招收陸生。

• 2009年7月，原住民神學研究中心《原牧年刊》創刊。

• 2009-2010年，開設「靈修學程」。

• 2011年，開設教義學系「教義組」。

• 2012年，正名為「輔仁聖博敏神學院」，以清楚確立既獨立於輔仁大學（本院直隸天主教聖座教育部），又強調保持合作的傳統。

• 2012年12月8日，與輔仁大學簽訂「合作協議書」。

• 2012年12月17日，天主教聖座教育部與中華民國教育部簽訂合約，互相承認雙方高等教育機構頒發的學位，故本院學位獲中華民國政府承認。

• 2013年，第二度以中文修訂章程，聖座教育部於5月27日核准。

• 2014年，確立「十年發展計畫」（2014-2024學年度）。

• 2015年，開設「婚姻與家庭學程」及「牧靈心理學程」。

• 2018年，確立校歌，房志榮神父填詞，調寄黃友棣教授作曲的輔仁大學校歌。

• 2018年5月，設置「信仰小團體牧民中心」。

• 2020年，第三度修正本院章程，聖座教育部於7月31日核定通過。為本院現行章程。