組織

本院設校長一人,由副董事長,耶穌會中華省省長提名,經董事長(耶穌會總會長)同意後透過宗座教育部的批准任命之。校長負責全校院務,並主持院議會。

其他單位(神學院代表號 (02)2901-7270、(02)2905-2792)

行政單位
 院長室秘書分機:507
 院務秘書助理分機:504
 圖書館分機:502
 使命發展室分機:262
 學生課務處分機:504
 教友推廣課程分機:507
生命倫理研究中心
 貞愛藍圖分機:778
 救助胎兒分機:158
禮儀研究中心:153/164
福傳研究中心:775
台灣原住民神學研究中心:611
出版單位
 神學著作編輯會:156或159
 輔大神學叢書:257
 神學論集編輯委員會:257
 輔神人分機:507